Cupiin voivat osallistua Palloliiton jäsenseurojen aikuisten sekä TBSM joukkueet, jotka osallistuvat liiton tai piirien viralliseen kilpailutoimintaan, ei kuitenkaan JKKI-joukkueet. 

Kilpailu koostuu neljästä eri vaiheesta, joista jokaiselle on määritelty erilaisia kilpailutapaan liittyviä määräyksiä ja sääntöjä. Alkukierrokset pelataan elo-lokakuussa, lohkovaihe tammi-maaliskuussa, ja pudotuspelivaiheet maalis-huhtikuussa. Finaali pelataan kesällä, myöhemmin määriteltynä ajankohtana. 

Cupin alkukierrokset**** 

Kilpailun 1. kierroksella (ns. Superkierros) kaikki osallistuvat liigajoukkueet asetellaan alueellisiin koreihin, joista heidät arvotaan vierasjoukkueeksi alemmalla tasolla olevaa joukkuetta vastaan. Ottelun voittaja pääsee suoraan helmikuussa alkavaan lohkopelivaiheeseen.  

Kaikki * kymmenen 1. kierroksen hävinnyttä joukkuetta, siirtyvät jatkamaan Suomen Cupin taivaltaan sen 2. kierrokselle. Toisen, kolmannen ja mahdollisesti neljännen kierroksen lopuksi (lokakuussa) jäljelle jääneet kaksi joukkuetta, saavat paikan talvella pelattavaan 12 joukkueen lohkopelivaiheeseen.   

Kilpailun hallinto voi arpoa ensimmäiselle kierrokselle myös muita otteluita pelattavaksi, joista hävinnyt joukkue putoaa kilpailusta pois. Tällaisia ensimmäisen kierroksen pudotusperiaatteen mukaisia pelejä arvotaan pelattavaksi vain, mikäli se on matemaattisesti tarpeellista, jotta muiden alkukierrosten pelien jälkeen saadaan oikea määrä joukkueita (12) pelaamaan lohkopelivaiheeseen.    

Mikäli kaikki Liigajoukkueet eivät osallistu Suomen Cupiin, alkukierrosten pelit ja kierroslukumäärä sopeutetaan pelattavaksi niin, että kilpailun toiseen vaiheeseen, lohkopelit, saadaan kaksitoista joukkuetta.  

**** Poikkeus sääntöön, mikäli Naisten Suomen Cupin 2019-2020 finaali pelataan ennen (seuraavan pelikauden 2020-2021) ns. Superpelikierroksen pelaamista, tällöin kauden 2019-2020 finalistit saavat suoraan paikan lohkopelivaiheeseen, ja Superpelikierroksella pelaavat vain ne Naistenliigajoukkueet, jotka eivät ole päässeet kyseiseen finaaliin 

Joukkueet ja lohkot 

Kaksitoista joukkuetta jaetaan alueellisesti neljään lohkoon, jossa kussakin on kolme joukkuetta. Pääsäännön mukaisesti, lohkojaossa huomioidaan ei-liigajoukkueet siten, että tällaisia seuroja on enintään yksi per lohko. Jos ei-liigajoukkueita on enemmän kuin neljä, pääsääntö kumoutuu. Liigajoukkue- tai ei-liigajoukkuestatus määritellään sen perusteella, millä kilpailuun on osallistuttu sen 1. tai 2. kierroksella.  

Kussakin lohkossa pelataan yksinkertainen sarja, jossa jokainen joukkue kohtaa lohkon kaksi muuta joukkuetta, eli yksi peli kotona ja yksi vieraissa (arvotaan). Sarjataulukko, ja sen perusteella jatkoon menijät, määräytyy sarjamuotoisen kilpailun kilpailusääntöjen perusteella. 

Pudotuspelivaiheen pelien arvonnassa, kaikki joukkueet asetetaan samaan arvontakoriin, ilman alueellista sijoittelua.  

Lohkopelivaiheen jälkeen lohkoykköset arvotaan pelaamaan lohkokakkosia vastaan puolivälieräotteluihin. Puolivälierien voittajat arvotaan välieräotteluihin, jotka pelataan ennen liigakauden alkua, ja finaali jää pelattavaksi kesäkaudelle. 

Mikäli puolivälierässä on keskenään farmisopimuksen tai yhteistyöseurasopimuksen tehneitä joukkueita tai kaksi joukkuetta samasta seurasta, ne asetetaan automaattisesti vastakkain ilman varsinaista arvontaa, ja arvotaan vain kotijoukkuestatus.     

Palloliitto varaa itselleen oikeuden määritellä välierien ottelustadionit ja tarkat alkamisajat.  

Peliaika on 2 x 45 minuuttia. Jos ottelu päättyy tasan, pelataan 2 x 15 minuutin jatko-ottelu. Jos toinen joukkueista tekee enemmän maaleja jatko-ottelussa, on se voittaja. Jos jatko-ottelukin päättyy tasan, suoritetaan rangaistuspotkukilpailu.